隨著五都首長底定,五都升格將接著面臨整併、治理問題,其中又以5原住民鄉成為區治後,區長官派,架空原住民自治最受非議。目前,除了高雄市長陳菊簽署「高雄縣市合併原住民族權益政策白皮書」,尚有台中縣和平鄉併入台中市、台北縣烏來鄉尚未解套。
台灣原住民族部落行動聯盟為首的多個原住民團體也於選前集結行政院抗議,強調地制法並不適合原住民部落,要求行政院透過命令解釋或修法等方式維護原住民權利。
原住民政策協會監事拔尚表示,台灣自2005年頒布《原住民族基本法》,之後未制定子法,原住民期待已久的自治依然落空;但現行制度,原鄉仍能選出原住民的村長與鄉長,保有微小卻仍存在的「自治」,鄉內的土地審查委員會至少還有機會參與。五都整併後,全部改為區,依據《地方制度法》為官派,但這與原民法第20條「政府承認原住民族土地及自然資源權利」衝突。