你吃的有機農產品到底多有機？台灣雖有相關的驗證規定，卻未定義「有機種子」，有機作物多數仍以慣行農法育成的種子栽種，唯一的差別是不使用藥劑處理。不過遇到量少的品種，業者多半不願意額外處理，限制了有機作物的栽種，消費者能買到的有機作物品項也降低。
國外有機育種已起步，逐漸了解有機育種的額外特性，例如含有較高抗氧化劑的紅色高麗菜，營養比傳統品種更多。台灣因政策規定寬鬆，缺乏積極的有機種苗育種，不利於有機農業的發展。
台灣採種技術佳 有機產量並不低
花蓮區農業改良場最近發表的報告中指出，以有機種植、傳統採種的蔬菜種子數量並不低於慣行農法；不但證明有機種子在台灣採種的可行性，也建議修訂有機種子的相關規定，以利有機農業發展。
由嘉義大學生物農業科技學系教授顏永福研究團隊發表的〈國際有機種子產業和短期葉菜有機採種試驗〉一文中指出，傳統種子和有機種子的採種技術兩者相似，唯一的區別是有機種子採種田需採用有機農法並取得驗證。目前美國和歐盟在有機農業相關法令中都要求優先使用有機種子，但是台灣至今仍未定義有機種苗。
也就是，有機驗證的農產品也可以使用慣行種子。不要求使用有機種子，業者對有機種苗研發也興趣缺缺，有機農民無法買到所有想種植種類的有機種子產品，限制了有機農業發展的可能性。
顏永福研究團隊針對短期葉菜有機採種，以小白菜、芥藍菜、萵苣進行比較，採種數量並不亞於慣行採種。研究團隊指出，短期葉菜類生育期短、種子使用量大，並為主要有機蔬菜，所以急需生產因應有機栽培使用。
有機種子靠自己
一般種苗行賣的種苗都已經「浸種」過，種子一來，已經用過藥了。浸種的目的是讓發芽率高，不容易生病，就像先打預防針一樣。但用藥違反了有機農業的原則。位於台北的興農種苗股份有限公司表示，公司販售的種子都是進口的，而且沒有分有機或非有機，只是用來種有機的不泡藥。
在宜蘭從事有機耕種的花田厝農場主人游麗花認為有專門的有機育種比較安全。他所使用的種子都有配合的種苗業者另行處理不浸種，「雖有配合的種苗商，不過價格都多出50%。」不浸種需要人工額外處理，反而更貴；不過遇到訂購量少，業者大多不願意配合，如此一來，便限制了種植的品項。
大多數有機農場都採取自行留種的做法，因為他們認為種苗公司的種子非來自當地，並且在化學肥料的環境下育成；自己留種可以確保安全性，並培育出適合土地和環境的種子。源禾綠的農場負責人程超傑大多都自己留種，不過仍有些品種必須向種苗商購買。只是自己留種，很難控制變種問題，都要靠自己篩種，把長得比較好的繼續留種。留種能讓品種適應土地和環境因素，強化適合當地的基因。
程超傑說，有些雜交1代，為了讓顧客回流，大多不能留種，即使留種再種，一些隱性基因全都出來了，無法得到較好的性狀，通常到了4－5代，品種才會變得穩定。為了讓品種穩定，他栽種的番茄，在尚未開花前就得套袋，避免雜交。
擴大交流或許能解決品系少的問題。程超傑建議能有「種子交換」的平台，在市集中，一年有兩次讓小農交換種子，一方面鼓勵留種保種，另一方面則促進交流，程超傑說，最好事先規劃好規則，例如進行交換的種子，必須要有紀錄，能證明是有機種苗，才能進行交換。
選種無法取代育種
和多數致力於有機農業的農民一樣，程超傑只能做到選種，他認為最好是有專門的有機育種。
農民或秀明自然農法雖強調保種，不過只做到選種；育種須進行交配，從親本中找到合適的種苗交配，則需專家的協助。台大農藝系教授郭華仁表示，「地方品種的需求不夠強，市場太小而引不起種苗公司的興趣」。
農民或許可以在有機的環境留下有機種子，卻無法培育出新品種，這說明了有機種子研發的重要性。郭華仁說，有機育種過程必須在有機環境以及條件下繁殖育種，民間種子行以蘭花、蔬菜、水果的種子居多，公部門基於糧食安全，則須針對五穀雜糧保種育種。目前，台灣公部門目前尚未針對有機農業的育種。
除了法令的制定與落實，郭華仁建議由政府積極推動「參與式育種」，結合專家的專業與有機農民的需求，農民所需要的作物特性，透過由專家技術協助，反覆確認研發農民所需的品種，再由農民種植。
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