趕在明（2013）年1月2日審查農業部組織法前，農委會端出「動物保護會」編制，回應動保團體「動保畜牧分家，成立動保司」訴求，未來將由主委擔任動保會召集人，下設「動物保護科」以及「寵物福利科」，可望終結畜牧兼作動保的命運。
主委進行跨局處業務協調
農委會表示，目前規劃「動物保護會」為常設性任務編組，由部長親自擔任召集人，直接指揮監督動物保護業務，期待透過高規格編制，帶動地方政府提升動物保護單位之層級及擴編相關執法資源。
民間原本期待設動物保護司，農委會主委陳保基則在與動保團體會議上承諾主任秘書將比照司長，為簡任12職等。
此外，動保會將依據未來農業部總員額等條件，設置2至4科，目前則先籌劃動物保護及寵物福利等2科，其中動物保護科主要負責法規之訂修、提升實驗動物及經濟動物福利等業務；另因應社會對寵物福利的重視，新增寵物福利科負責寵物及流浪動物管理、寵物用品及相關服務業之管理及輔導等業務。未來委員會成員將包括學者、專家以及民間代表。
民間原本期待動物保護一步到位，全力解決存在已久之陳疴，對這項決定，大多表示「雖不滿意，但有進步」。
貓狗人共和國召集人黃泰山表示，民間提出的版本是規劃4科，把實驗動物和經濟動物分開，目前則限縮2科，而且把業務龐大的經濟動物以及專業度高且複雜的實驗動物放在動物保護科並不合適。
動保法15條尚未完成管理辦法
「光是實驗動物保護業務，一個科恐怕都不夠」黃泰山說。依據動保法第15條第2款，「中央主管機關得依動物之種類，訂定實驗動物之來源、適用範圍及管理辦法」，仍未完成。
目前動物保護法對於實驗動物福利是由實驗室成立「實驗動物使用及照護小組」，審核及監督該機構進行之動物試驗是否符合取代 （Replacement）、減量（Reduction）、精緻化（Refinement）之3R原則，以達實驗動物人道管理目的。
黃泰山說，所謂的小組只需其中一位具備動物醫師資格即可，若沒有獸醫背景，則派員到農委會接受兩天的訓練；之後運作則由實驗室自力監督，農委會進行的外部監督則每5年才輪到一次，「這種保護等於零。」
黃泰山說，連實驗動物來源、須符合哪些指標，實驗完成之後死與活怎麼處理，都沒有相關的規定。「放到動物保護科怎麼推得動？」
發展生物科技難兼顧實驗動物福利
農委會畜牧處副處長朱慶誠表示，「動物保護諮議委員會」實驗動物組今年開過3次會議，針對法令各項表單表格進行討論。至於管理辦法，則將衡量現況研擬，「訂得很嚴也做不到」黃泰山則直指，「當台灣傾國之力發展生物科技之際，要兼顧實驗動物保護相當難。」
在經濟動物方面，目前有防疫、畜牧單位的存在，卻都非保護的目的，對於人道屠宰以及人道飼養缺乏關注，特別是飼養食物、空間等，人道飼養方面，都應制定標準，常需跨局處協調。提到此事，黃泰山則表肯定，由主委擔任動保會召集人協調跨局處是有利的，但落實能力仍有待觀察。
寵物適用對象應擴大 圈養野動三不管
關懷生命協會主任林憶珊指出，展示動物、動物園、生態農場、博覽會等圈養的野生動物仍然是三不管地帶，各局處互相推諉。以草泥馬為例，因為牠不是保育類的動物，「法令上只說不危及本地生態即可引進，引進後可自由買賣以及圈養繁殖。」引進到展示之間，完全缺乏動物福利的查核監督機制。
另外，過去動物保護科法令上寵物只管狗，和現實差距極大；民間雖不斷表示，貓、兔子、鼠、烏龜，都已是常見的寵物，卻未納入，其它當作寵物的野生動物更乏人過問。林憶珊說，若寵物仍只限縮管狗，其他寵物業者不當繁殖、棄養將止不住，無法改善已存在的問題。
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