台灣特有亞種水鹿可能不只一種！台灣大學動物科學技術學系副教授朱有田為了協助台灣鹿農建立水鹿族群DNA比對，連續幾年在太魯閣國家公園陶塞溪流域採集水鹿排遺，從樣本呈現的資料，顯示有一群DNA顯著不同於台灣其他地區的水鹿族群存在，這項發現很可能改變我們對台灣水鹿分類的認知。來自鹿農的請求
提到發現台灣水鹿可能存在另一個亞種（或族群），原因居然來自於鹿農的請託。台灣鹿茸產品來自繁殖圈養水鹿，吸引不少觀光客採購，根據政府統計，鹿茸加工產品一年具有約5億的經濟潛力，但令鹿農不解的是，何以落入口袋的卻遠小於此數字？具有如此商機，卻只有少數由國內鹿農所得。再加上，政府未來計劃開放紐西蘭鹿產品進口，對臺灣鹿產業衝擊勢必增大。
具備畜牧、生化、分子細胞生物學等訓練、研究背景的朱有田，2004年為了證明蘭嶼小耳豬是否來自台灣野豬的後代，而展開與考古研究團隊合作的大門，當時，他必須從考古遺址出土的4、5000年前豬骨遺骸抽取DNA進行檢驗。
這個獨特的經驗，讓鹿農找上他，他們認為只要證明市面上有些產品是來自進口的鹿角切片，或許能提高台灣水鹿製品的價值，因此請求朱有田協助辨認。
這次的委託，意外的讓朱有田再度以考古遺骸中的鹿科動物DNA，於2010年底確認墾丁社頂復育20年的梅花鹿是正港的台灣特有亞種。
尋鹿走山崖
遺傳研究需要的是豐富的資料庫（Data Base）供比對，以及鑑定技術。為了完成鹿農請託，朱有田必須收集足夠的基本資料，於是他與台灣幾個在野外進行研究的團隊銜接合作，從全台北中南東收集台灣水鹿排遺，透過DNA檢驗建立資料庫。
朱有田不但委託屏東科技大學黃美秀、翁國精、台灣師範大學王穎研究團隊等數個野外調查團隊協助收集水鹿排遺，他自己的團隊也多次由實驗室走入野外；這兩年再加入台灣水鹿野外研究者林宗以，收集的樣本數量增加，資料庫更豐富。
這些排遺遍及南投縣仁愛鄉雙龍部落、丹大野生動物重要棲息環境、雪霸國家公園、太魯閣國家公園奇萊山區、陶塞溪、南湖大山、玉山國家公園南二段、新康山區、大分山區、雙鬼湖野生動物重要棲息環境及大武山自然保留區等地。
八八風災之前採集的樣本就已發現，陶塞溪一帶的遺傳基因和其他地方不同，但八八風災之後道路中斷，有一段時間進不去，無法進一步印證，一直到去（2011）年1月，才得以在陶塞溪中下游採得46個樣本，證明這項事實。
朱有田是以DNA分子時鐘理論，也就是假設特定的DNA序列會隨著演化而穩定進行突變，因此這些突變的DNA序列可以作為內建之生物時鐘，記錄過去演化事件，分析粒線體（mt）DNA，得到雪霸和陶塞族群與中央山脈是兩組不同的基因組合，統計上差異的顯著性高達70%的支持度，幾乎可以確定有亞種的存在。
尚須形態上描述
然而，以排遺所獲得的遺傳差異，無法確定形態的差異上是否足以區隔為另一亞種，尚待進一步釐清。形態上可辨識的特徵，包括頭骨型態、毛色等，朱有田舉狗為例，黃金獵犬和拉不拉多犬即存在明顯的差異，可提供亞種存在更具體的指標。
從排遺DNA辨識到形態辨識，顯然需要更多的樣本。朱有田表示，今年暑假研究團隊將持續在太魯閣西邊、雪霸北邊採樣來釐清兩個族群（或亞種）間的分布範圍與交界帶；台灣的樣本，也將與中國和東南亞、南亞水鹿的DNA進行比對，進一步了解其關聯性。
若確定亞種（或不同族群）存在，研究團隊也將發表正式論文，台灣水鹿在台灣的另一個特有亞種（或族群）可望列入物種名單，並讓台灣水鹿的保育目標進展到不同層級，這對在台灣野生動物保育史上將會是相當重要的一個進展。
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